Федеральный округ образован указом президента России В. В. Путина от 13 мая 2000 года № 849 в составе 13 субъектов РФ — Адыгеи, Дагестана, Ингушетии, Кабардино-Балкарии, Калмыкии, Карачаево-Черкесии, Северной Осетии, Чечни, Краснодарского и Ставропольского краёв, Астраханской, Волгоградской и Ростовской областей.
Первоначально этот округ назывался Северо-Кавказским федеральным округом, но уже 21 июня 2000 года указом № 1149, был переименован в Южный Федеральный Округ.
Указом президента России Д. А. Медведева от 19 января 2010 года из состава Южного федерального округа был выделен
Северо-Кавказский федеральный округ с центром в городе Пятигорске. В составе Южного федерального округа остались
Адыгея, Калмыкия, Краснодарский край, Астраханская, Волгоградская и Ростовская области.
Указом президента России В. В. Путина от 28 июля 2016 года № 375 Крымский федеральный округ был упразднён, а входившие в его состав
Республика Крым и город федерального значения Севастополь были включены в состав Южного федерального округа.