В 1987 году город Ленинск был отнесён к категории городов республиканского подчинения.
В городе Ленинск в советский период, в целях конспирации, средние школы имели общеказахстанскую нумерацию — номера 30, 174, 178, 187, 211, 222, 245 (с начала 1990 годов — соответственно № 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7).
К 1990 году жилищное строительство в Ленинске закончилось, жилой фонд составил 360 многоэтажных домов общей площадью более 1 млн м², численность населения города (включая жителей городков, расположенных на площадках космодрома) достигла 140 тысяч жителей.
Тяжёлые времена для космодрома и города настали в 1991—1992 годах, после распада
СССР. Количество космических запусков резко сократилось, целый ряд офицеров и работников промышленности предпочли со своими семьями уехать с космодрома на родину (в Россию, на Украину, Беларусь) в поисках лучшей жизни. Неясен был и сам статус космодрома, поскольку он оказался на территории суверенного Казахстана, а фактически эксплуатацию Байконура осуществляла Россия.