Нахабино известно как село с 1482 года, когда принадлежало боярам Плещеевым. В 1534 году село было продано Троице-Сергиевому монастырю. Название «Нахабино» произошло от названия речки Нахабинка; по второй, более старой версии, - от слова «хаб», означающем на старорусском — "овраг, канава", то есть "на хабе", поселение на овраге.
В 1933 году на полигоне в Нахабине были запущены первые советские ракеты ГИРД-9 и ГИРД-10.
Статус посёлка городского типа имеет с 1938 года.
В 1940 году в Нахабино снимали знаковый фильм «Тимур и его команда» по одноимённой повести Аркадия Гайдара, в роли пионеров из команды Тимура выступили дети испанских коммунистов.
С 2004 по 2010 годы в 6-м учебном центре инженерных войск снимался другой культовый фильм своего времени - телевизионный сериал «Солдаты».
В 2005 году в ходе муниципальной реформы было образовано муниципальное образование — городское поселение Нахабино, в состав которого были включены также деревни Желябино, Козино и Нефедьево.
С 1 января 2017 года, в ходе реформы муниципального управления, городское поселение Нахабино было упразднено, а на его месте образовано одноимённое территориальное
управление городского округа Красногорск.
